ホテル室料が高い、支給基準に追い付かないです。

外国人研究者のJSPS支給経費は「滞在費 日額1万8,000円」。
  宿泊料と日当(食事代と同一地区内での移動費を含む)
https://www.jsps.go.jp/file/storage/fellow_common/FAQ/FAQ_j202507.pdf
つまり、ホテル料の上限は、1万8,000円/泊から。毎日の交通費も含みます。
   ・アパホテル新宿(朝食付)無理。春休みと秋は半年前から予約満室。
   ・東横イン梅田(朝食付)      〃
ベッド1台でいっぱいになる客室は、招待講演者のための予約でしょうか。

予約は、ネット予約、楽天ホテル、アゴダ、エクスペディアを活用でしょうか。
「会計書類」や「領収書」は、指定どおり発行できないのですが。
学会経費からの旅費支給なら可能です。しかし、公費の支給は困難です。経験豊
富で柔軟な旅行業者ですね。