日本到着前に予約も支払いも完了。しかし「宿泊税」は当日払い。これ知らないと。

チェックイン時の支払い原則です。つまり、招へい者ご本人が支払うことになる。
東京都内は、　15,000円／泊・室が未満 100円／泊・名
　　　　　　　15,000円／泊・室が以上 200円／泊・名
京都市内は、　20,000円／泊・室が未満 400円／泊・名
　　　　　　　50,000円／泊・室が未満 1,000円／泊・名
本人払いなので「領収書」が本人名義。支給は難しい。同行者が含まれると？？

海外研究者の招へいに慣れた旅行会社は、こうした細部も事前に調整してくれます。
ネット予約の前に相談しておくと安心です。